L'EPTB joue un rôle important en termes de gestion des milieux aquatiques :

• Il a tout d'abord un rôle d'expertise (ingénierie) et de coordination au service des acteurs du territoire. Il réalise également toutes les mesures d'accompagnement liées aux aménagements de prévention contre les inondations inscrites aux PAPI.

• De plus, l'EPTB Meurthe Madon assure, comme ses statuts le lui permettent, la compétence "gestion des milieux aquatiques" sur trois communautés de communes.
  La CC des Pays du Sel et du Vermois (en Meurthe-et-Moselle), la CC de Mirecourt Dompaire et  la CC Terre d'eau (dans les Vosges) ont souhaité lui confier (par transfert de compétence) l'intégralité de la Gemapi. Sur le territoire concerné, l'EPTB assure l'entretien des cours d'eau. Après un diagnostic de la situation, il conçoit un plan de gestion et procède à sa mise en oeuvre. Il réalise également des opérations de restauration/renaturation et met en place les mesures permettant le rétablissement de la continuité écologique. 
• A noter également, que la CC Vosges Coté Sud Ouest a délégué la compétence gestion des milieux aquatiques à l'EPTB.